Etil merkaptan, kao isparljivo organsko jedinjenje, zahteva striktno poštovanje specifičnih uslova i propisa tokom skladištenja. Prvo, okruženje za skladištenje treba da bude hladno, suvo i dobro-prozračeno, sa idealnom temperaturom koja se održava ispod 0 stepeni kako bi se smanjila isparljivost i rizik od oksidacije. Istovremeno, zbog svoje fotosenzitivne prirode, etil merkaptan treba čuvati na tamnom mestu. Staklene boce, posude od nehrđajućeg čelika i aluminijske limenke su idealne posude, jer učinkovito produžuju vijek trajanja etil merkaptana i održavaju njegovu kemijsku stabilnost. Nadalje, mora se voditi računa da se izbjegne miješanje etil merkaptana s drugim hemikalijama i da se drži dalje od izvora vatre kako bi se osigurala sigurnost. Osoblje koje rukuje etil merkaptanom treba da nosi odgovarajuću zaštitnu opremu, kao što su rukavice, naočare i zaštitna odjeća, kako bi se spriječila iritacija i ozljeda kože i očiju.